فلسفههای اتمیستی در اوایل فلسفه اسلامی یافت میشوند و در اصل تحت تأثیر فلسفه یونانی قبلی و تا حدودی فلسفه هندی قرار گرفتهاند.مانند هر دو نسخه یونانی و هندی، اتمیسم اسلامی موضوعی پربار بود که پتانسیل تعارض با گروه مذهبی سنتی را داشت، اما در عوض بیشتر مورد علاقه الهیدانان اسلامی سنتی بود. این ایده چنان بارور و منعطف بود که مانند یونان و هند، در برخی از مکاتب پیشرو در اندیشه اسلامی شکوفا شد.
موفق ترین شکل اتمیسم اسلامی در مکتب الهیات اسلامی اشعریه بود، به ویژه در کار متکلم غزالی (450-505). در اتمیسم اشعری، اتم ها تنها چیزهای مادی و همیشگی موجود در جهان هستند و همه چیزهای دیگر در جهان «تصادفی» است به معنای چیزی است که فقط برای یک لحظه دوام می آورد. هیچ چیز تصادفی نمی تواند علت چیز دیگری باشد، مگر ادراک، آن گونه که برای لحظه ای وجود دارد. حوادث احتمالی تابع علل فیزیکی طبیعی نیستند، بلکه نتیجه مستقیم مداخله دائمی خداوند هستند که بدون آن هیچ اتفاقی نمیافتد. بنابراین طبیعت کاملاً به خدا وابسته است که با سایر عقاید اسلامی اشعری در مورد علیت یا فقدان آن پیوند دارد.
غزالی نیز از این نظریه برای حمایت از نظریه اکازیونالیزم (مقارنه گرایئ) خود استفاده کرد. به یک معنا، تئوری اشعری اتمیسم با اتمیسم هندی بسیار مشترک است تا با اتمیسم یونانی. مکتب فعالی از فلاسفه در اندلس، از جمله مفسر برجسته ابن رشد (520-595ق.) به صراحت اندیشه غزالی را رد کردند و به ارزیابی گسترده ای از اندیشه ارسطو روی آوردند. ابن رشد در مورد بیشتر آثار ارسطو به تفصیل اظهار نظر کرد و تفاسیر او در اندیشه مکتبی یهودی و مسیحی بسیار تأثیرگذار شد.
در قرن چهاردهم، نیکلاس از اوترکورت Nicholas of Autrecourt معتقد بود که ماده، فضا و زمان همه از اتمها، نقاط و لحظههای غیرقابل تقسیم تشکیل شدهاند و تمام تولیدات و فسادها از طریق بازآرایی اتمهای مادی صورت میگیرد. شباهتهای عقاید او با اندیشههای غزالی نشان میدهد که نیکلاس احتمالاً با آثار غزالی آشنا بوده است، شاید از طریق رد آن توسط ابن رشد.